هناك أكثر من 150 أنواع البكتيريا المستخدمة في إنتاج الأسمدة الميكروبية. يمكن تقسيمها إلى بكتيريا تثبيت النيتروجين, البكتيريا المذيبة للبوتاسيوم, فوسفات الكائنات الحية الدقيقة المذابة, البكتيريا الوظيفية للمضادات الحيوية والبكتيريا المنتجة للإنزيمات وفقًا لوظائفها. في عملية البكتيريا المستخدمة في إنتاج الأسمدة الميكروبية, تحتاج إلى اختيار النوع المناسب من العامل الميكروبي وفقًا لأنواع التربة المختلفة واحتياجات المحاصيل. التأكد من أن العامل الحيوي المختار مفيد للنبات المستهدف ويمكنه التكيف مع الظروف البيئية المحلية. هذه هي أفضل طريقة للحصول على أفضل النتائج من إضافة البكتيريا البيولوجية وتحسين جودة المحصول.

يمكن للبكتيريا المنتجة للإنزيم أن تفرز إنزيمات مختلفة. يمكن أن يحلل المواد العضوية بشكل فعال, تحلل المواد العضوية إلى عناصر غذائية تمتصها النباتات. في نفس الوقت, كما يمكنه تسريع عملية التحلل والتحول للأسمدة الحيوية العضوية. تشمل البكتيريا الشائعة المنتجة للإنزيم الفئات التالية بشكل رئيسي: البكتيريا المنتجة للبروتياز, البكتيريا المنتجة للأميليز, البكتيريا المنتجة للسيليولاز. انهم جميعا كسر المواد العضوية لتوفير النيتروجين, مصادر الكربون والجلوكوز لنمو النبات, على التوالى.

في إنتاج الأسمدة الميكروبية, عادةً ما يستخدم الأشخاص أيضًا البكتيريا الوظيفية المضادة للميكروبات. العقدية هي جنس مهم من الشعيات, والتي يمكن أن تنتج العديد من المواد الفعالة مثل المضادات الحيوية والهرمونات النباتية. وهي بكتيريا وظيفية مضادة للميكروبات تلعب دورًا مهمًا في تحسين المقاومة ومقاومة الإجهاد للنباتات. ويشمل بشكل رئيسي العصوية الرقيقة, الترايكوديرما, الريزوبيا وما إلى ذلك. لدى Mycelium Streptomyces العديد من الفروع. وهذا الجنس لديه أكثر الأنواع, والتي يمكن أن تنتج مجموعة متنوعة من المضادات الحيوية.

وتتمثل المهمة الرئيسية للبكتيريا المذيبة للفوسفور في الأسمدة البيولوجية في مساعدة النباتات على امتصاص الفوسفور في التربة بشكل فعال. يمكن لهذه البكتيريا المذيبة للفوسفور أن تفرز الفوسفاتيز, عن طريق تحطيم الفوسفات غير القابل للذوبان, وتحويله إلى فوسفات يمكن للنباتات امتصاصه واستخدامه. اعتمادًا على البكتيريا المذيبة للفوسفات، تقوم بتفكيك الركيزة إلى الفوسفور العضوي إلى كائنات دقيقة وفوسفور غير عضوي. متى إضافة عوامل الأسمدة الحيوية, تحتاج إلى النظر في عوامل مثل نوع التربة, محتوى المادة العضوية وطرق الزراعة لإضافة مذيبات الفوسفور المختلفة.

بكتيريا البوتاسيوم الوظيفية هي نوع من البكتيريا التي يمكنها تحلل معادن سيليكات الألمنيوم والأباتيت. يمكن استخدام بكتيريا البوتاسيوم كسماد ميكروبى لتعزيز تحويل البوتاسيوم غير القابل للذوبان, الفسفور, المغنيسيوم والمواد المغذية الأخرى إلى مغذيات قابلة للذوبان, وزيادة محتوى العناصر الغذائية المتوفرة في التربة. هناك بشكل رئيسي عصية سيليسية, ابتزاز العصوية, العصوية الدائرية وما إلى ذلك. بكتيريا السيليكات هي نوع من العصيات الغروية, هو سماد بيولوجي شائع ينطلق من الكائنات الحية الدقيقة.

يمكن للبكتيريا المثبتة للنيتروجين أن توفر مصدرًا للنيتروجين للنباتات من خلال تثبيت النيتروجين في الأسمدة الحيوية. فضلاً عن ذلك, يمكن للبكتيريا المثبتة للنيتروجين تحويل النيتروجين الموجود في الغلاف الجوي إلى مركبات نيتروجين, مثل الأمونيا, نترات. من السهل على النباتات أن تمتصه. لذا, يمكن أن يوفر إمدادات كافية من مصدر النيتروجين للنباتات. تشمل البكتيريا الشائعة المثبتة للنيتروجين الريزوبيا بشكل رئيسي, البكتيريا غير العقدية المثبتة للنيتروجين, الطحالب الخضراء المزرقة وما إلى ذلك. في نفس الوقت, يمكن أن تكون أنواع البكتيريا المثبتة للنيتروجين وفقًا لأسلوب الحياة, الطلب على الأكسجين, الخ في التصنيف.